Dnia 20 października 1984 r. pod koniec głównego wydania Dziennika Telewizyjnego została podana wiadomość o uprowadzeniu ks. Jerzego Popiełuszki. Jego los był nieznany. W kościele św. Stanisława Kostki rozpoczęło się modlitewne czuwanie trwające nieprzerwanie do 30 października, kiedy to w wodach Zalewu Włocławskiego odnaleziono ciało Księdza. 2 listopada trumnę z ciałem przywieziono do kościoła św. Stanisława Kostki. Następnego dnia odbył się pogrzeb. Jego uczestnicy - około 1000 kapłanów i ponad 600 000 wiernych z całej Polski – byli przekonani, że są świadkami ofiary Kapłana, który został zabity za Prawdę. Ich ból ojcowskim słowem tulił Prymas Polski kard. Józef Glemp:

„Czyż możemy mieć dziś wspanialszą intencję dla naszych modlitw jak nie tę, aby śmierć męczeńska księdza Jerzego nie była tylko przerwą jego ziemskiego życia, ale aby była owocna dla nas, dla naszego lepszego społecznego życia?  Być może była potrzebna ofiara życia, aby odkryły się utajone mechanizmy zła, aby wyzwoliły się silniej pragnienia dobra, szczerości, zaufania. Przecież cały Naród pragnie rzetelnego respektowania prawa, pragnie ładu, pragnie gospodarności. Nasza religijna refleksja nad śmiercią księdza Jerzego, że Chrystusowy człowiek nie umiera dla siebie, ale dla Chrystusa i za innych, daje wielką perspektywę społecznych nadziei. Niechby za tą refleksją teologiczną podążyła myśl społeczna i polityczna. Nie brak u nas wielu ludzi, nie brak ich za granicą, którzy pragną pracować ofiarnie dla Ojczyzny”.

Na zakończenie uroczystości pogrzebowych trumnę ks. Jerzego Popiełuszki złożono w grobie nieopodal wejścia do świątyni. Projekt grobu – w kształcie kurhanu - wykonał znany artysta plastyk p. Jerzy Kalina. Grób otacza różaniec z polnych kamieni ułożonych w kształcie granic Polski. Krzyż różańca jest położony w centrum mogiły, gdzie znajduje się grobowiec. Łącznik ma kształt Polskiego Orła w Koronie z Matką Bożą Jasnogórską na piersi. Nad grobem - na drzewie – umieszczono korpus ukrzyżowanego Chrystusa wykonany z brązu według projektu p. Gustawa Zemły.

 

Do grobu ks. Jerzego – począwszy od dnia pogrzebu - licznie przybywają wierni. Szacuje się, że od 19 października 1984 r. do 28 lutego 1985 r. w kościele św. Stanisława Kostki i przy grobie kapelana „Solidarności” modliło się około milion osób. Natomiast według statystycznych obliczeń od 1 marca 1985 r. do 31 grudnia 2004 r. to miejsce nawiedziło 14.612.361 pielgrzymów, w tym 273.305 cudzoziemców. Dnia 14 czerwca 1987 r. do grobu ks. Jerzego przybył Ojciec Święty Jan Paweł II. Po złożeniu kwiatów na grobie długo modlił się obejmując ramionami nagrobną płytę. Odchodząc ucałował ją. Modlitewny hołd ks. Jerzemu złożyli: kardynałowie z Polski, Anglii, Austrii, Białorusi, Brazylii, Czech, Chile, Filipin, Meksyku, Niemiec, Rwandy, USA, Watykanu.  Przy grobie ks. Jerzego Popiełuszki zatrzymują się: biskupi, kapłani, prezydenci i premierzy państw oraz liczni pielgrzymi. Klękając – na specjalnie przygotowanych klęcznikach - wypowiadają głębię swych serc. Modlą się wypisanym tam słowami:

 Boże nieskończenie dobry, który obdarzyłeś swego sługę, ks. Jerzego Popiełuszkę, łaską wierności kapłańskiemu powołaniu aż do męczeńskiej śmierci, prosimy Cię słowami Papieża, Jana Pawła II, "aby z tej śmierci wyrosło dobro, tak jak z Krzyża Zmartwychwstanie". Spraw, by ks. Jerzy, niezłomny obrońca praw Bożych i ludzkich, dany Ojczyźnie naszej i światu jako znak zwycięstwa miłości nad nienawiścią, został wyniesiony do chwały ołtarza. Miłosierny Boże, udziel mi, za wstawiennictwem Sługi Bożego ks. Jerzego, tej łaski, o którą Cię gorąco proszę. Niech ofiara życia ks. Jerzego i Jego wstawiennictwo u Ciebie, Boże, przyczyniają się do wzrostu chrześcijańskiej wiary, jedności i pokoju w świecie. Przez Chrystusa Pana naszego. Amen.

 

W oparciu o powszechne przekonania wiernych, że ks. Jerzy poniósł śmierć męczeńską za wiarę, trwa jego proces beatyfikacyjny. Prace procesowe rozpoczęte 8 lutego 1997 r. na etapie diecezjalnym zakończono 8 lutego 2001 roku. Dnia 3 maja 2001 r. w Watykanie rozpoczął się drugi etap procesu. Sługa Boży ks. Jerzy Popiełuszko w ciągu dwunastu lat kapłaństwa wypracował piękny model życia dla bliźnich. Był bez reszty oddany człowiekowi, który przez niego zbliżał się do Boga. Dziś w tajemnicy obcowania świętych, świadectwem swego życia i męczeńskiej śmierci nieustannie wzywa do ewangelicznej solidarności.